我在的工厂已经两个月没发工资了

如果您所在的工厂拒绝与您协商工资发放问题，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，您有权直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。该法第五条规定，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。因此，在工厂拒绝协商的情况下，您可以直接进入仲裁程序来维护自己的合法权益。
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在不同情况下，维护工资权益的操作如下：若工厂态度积极，可先尝试协商；若协商无果，可向劳动纠纷调解委员会申请调解；若调解仍无法解决，应坚决向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；如对仲裁结果不满，可在规定时间内向法院提起诉讼。
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从法律角度，准备仲裁或起诉材料时，应收集并整理以下证据：劳动合同、工资条、考勤记录、与工厂的沟通记录（如邮件、短信等）、协商或调解的书面记录等。同时，确保材料的真实性和完整性，以便在仲裁或诉讼过程中有效证明自己的权益。